Die wichtigsten Organe der Kreishandwerkerschaft Elbe-Weser sind die Mitgliederversammlung, in der alle 49 Innungen durch Ihren stimmberechtigten Obermeister bzw. Delegierten vertreten sind, und der Vorstand mit seinen zehn Mitgliedern. Die Vertretung nach außen erfolgt durch den jeweiligen regionalen Kreishandwerksmeister, den Vorstand insgesamt und die Geschäftsführung.

Dem 10-köpfigen Vorstand gehören jeweils 2 Vertreter aus Cuxhaven-Land Hadeln, dem Altkreis Bremervörde, den Landkreisen Osterholz sowie Verden  und ebenfalls 2 weitere Vertreter aus Rotenburg an. Aus der Runde der fünf Kreishandwerksmeister ist ein Vorsitzender/Sprecher gewählt.